图1表示含有目的基因$D$的$DNA$片段长度（$bp$即碱基对）和部分碱基序列，图2表示一种质粒的结构和部分碱基序列。现有$Msp$ Ⅰ、$BamH$ Ⅰ、$Mbo$ Ⅰ、$Sma$ Ⅰ4种限制性核酸内切酶切割的碱基序列和酶切位点分别为$C\downarrow CGG、G\downarrow GATCC、\downarrow GATC、CCC\downarrow GGG$。请回答下列问题：

（1）图1的一条脱氧核苷酸链中相邻两个碱基之间依次由连接。
（2）若用限制酶$Sma$ Ⅰ完全切割图1中$DNA$片段，产生的末端是末端，其产物长度为。
（3）若图1中虚线方框内的碱基对被$T－A$碱基对替换，那么基因$D$就突变为基因$d$。从杂合子分离出图1及其对应的$DNA$片段，用限制酶$Sma$ Ⅰ完全切割，产物中共有种不同$DNA$片段。
（4）若将图2中质粒和目的基因D通过同种限制酶处理后进行，形成重组质粒，那么应选用的限制酶是。在导入重组质粒后，为了筛选出含重组质粒的大肠杆菌，一般需要用添加的培养基进行培养。经检测，部分含有重组质粒的大肠杆菌菌株中目的基因D不能正确表达，其最可能的原因是。