已知某植物的胚乳非糯（$H$）对糯（$h$）为显性，植株抗病（$R$）对感病（$r$）为显性。某同学以纯合的非糯感病品种为母本，纯合的糯性抗病品种为父本进行杂交实验，在母本植株上获得的$F_1$种子都表现为非糯。在无相应病原体的生长环境中，播种所有的$F_1$种子，长出许多$F_1$植株，然后严格自交得到$F_2$种子，以株为单位保存$F_2$种子，发现绝大多数$F_1$植株所结的$F_2$种子都出现糯与非糯的分离，而只有一株$F_1$植株（$A$）所结的$F_2$种子全部表现为非糯，可见，这株$F_1$植株（$A$）控制非糯的基因是纯合的。
请回答：
（1）从理论上说，在考虑两对相对性状的情况下，上述绝大多数$F_1$正常自交得到的$F_2$植株的基因型有种，
表现型有种。
（2）据分析，导致$A$植株非糯基因纯合的原因有两个：一是母本自交，二是父本的一对等位基因中有一个基因发生突变。为了确定是哪一种原因，可以分析$F_2$植株的抗病性状，因此需要对$F_2$植株进行处理，这种处理是。如果是由于母本自交，$F_2$植株的表现型为，其基因型是；如果是由于父本控制糯的一对等位基因中有一个基因发生突变，$F_2$植株的表现型为，其基因型是；
（3）如果该同学以纯合的糯抗病品种为母本，纯合的非糯感病品种为父本，进行同样的实验，出现同样的结果，即$F_1$中有一株植株所结的$F_2$种子全部表现为非糯，则这株植株非糯基因纯合的原因是，其最可能的基因型为。